Praxise pikaajaline eesmärk on saada juhtivaks sõltumatuks mõttekojaks Eestis ning lähiregioonis. Seega lisaks institutsionaalsele sõltumatusele on meie jaoks oluline ka rahaline sõltumatus. See võimaldab organisatsioonil oma potentsiaali paremini ära kasutada – tõstatada ise uurimisteemasid ja toimida arvamusliidrina. Aastatel 2001-2007 oli Praxise peamine institutsionaalne doonor Hr. George Soros’e loodud kodanikuühiskonna arengut toetav fond Open Society Institute (OSI). OSI toetus on järk-rärgult vähenenud ning lõppes 2007. aastal.

Praxis on viimastel aastatel oma tegevusi rahastanud 50% projektipõhiselt Eesti avaliku sektori organisatsioonide tellimustest, 30% Euroopa Liidu uuringuprojektidest ja 20% muudest vahenditest (sh OSI grant). Praxis on rahastatud erinevate ühiskondlike organisatsioonide, mitmete rahvusvaheliste fondide (sh EL fondid ja raamprogrammid) ning lepingulistest töödest riigi ja erasektori poolt.

Lähiaastatel on Praxise eesmärk tagada rahastamise mitmekesisus, suurendada stabiilselt tegevusmahtu ja leida pikaajalise rahastamise allikaid.